Za obszary Natura 2000 uznaje się najistotniejsze tereny dla zachowania zagrożonych lub bardzo rzadkich gatunków roślin, zwierząt, czy charakterystycznych siedlisk przyrodniczych mających znaczenie dla ochrony wartości przyrodniczych całej Europy – czyli tzw. różnorodności biologicznej. Sposób ochrony w obrębie każdego z tych obszarów może być jednak inny. Bardzo istotnym elementem tego nowego systemu ochrony przyrody jest monitoring stanu siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt oraz ich populacji, za pomocą którego sprawdzana jest skuteczność działań ochronnych. Sieć Natura 2000 to system, który łączy dwa odrębne systemy obszarów chronionych wyznaczanych na podstawie prawa Unii Europejskiej. System ten nakłada się na dotychczasowe systemy obszarów ochrony przyrody funkcjonujące w państwach europejskich, ale nie zastępuje ich. Sieć Natura 2000 ma bowiem swe odmienne cele i funkcje. Podstawowym celem wprowadzania sieci obszarów chronionych Natura 2000 jest powstrzymanie wymierania gatunków zwierząt i roślin na obszarze Unii Europejskiej, a drugim prawie równie istotnym celem jest ochrona pełnego spektrum różnorodności biologicznej na tym obszarze w warunkach stałego monitorowania jej stanu i zachodzących zmian.

Jeden z podsystemów sieci Natura 2000 obejmuje obszary ważne dla ochrony dzikich ptaków (tzw. ostoje dzikich ptaków, formalnie nazywane „obszarami specjalnej ochrony ptaków" – OSO, a potocznie obszarami „ptasimi"). Prawną podstawa regulującą ich tworzenie jest Dyrektywa Ptasia uchwalona 2 kwietnia 1979 r., która zawiera założenia ochrony i zachowania wszystkich populacji ptaków naturalnie występujących w stanie dzikim w obrębie Wspólnoty Europejskiej, prawne uregulowanie handlu i pozyskiwania ptaków łownych oraz przeciwdziałanie pewnym metodom ich łapania i zabijania. W celu gatunkowej ochrony ptaków wyznaczono ostoje - obszary specjalnej ochrony (OSO).

W ramach drugiego z podsystemów sieci Natura 2000 chronione są obszary wyznaczane dla ochrony określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk istotnych dla ochrony określonych gatunków roślin i zwierząt, innych niż ptaki (formalnie nazywane „specjalnymi obszarami ochrony siedlisk" – SOO, a potocznie obszarami „siedliskowymi"). Prawną podstawą ich tworzenia jest Dyrektywa Siedliskowa uchwalona 21 maja 1992 r. określająca zasady ochrony i zachowania siedlisk naturalnych, dzikiej fauny i flory oraz bioróżnorodności w obrębie europejskiego terytorium państw członkowskich Unii Europejskiej. W celu ochrony siedlisk dyrektywa wyznacza obszary określane mianem specjalnych obszarów ochrony (SOO).

W latach 2006-2007 na terenie Nadleśnictwa Dąbrowa, w ramach wyznaczania obszarów Natura 2000, została przeprowadzona Powszechna Inwentaryzacja Przyrodnicza. Podczas tych prac na terenie Nadleśnictwa stwierdzono występowanie 14 gatunków cennych roślin, w tym grzybienia północnego (Nymphaea candida) – gatunku wpisanego do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin. Jest to gatunek narażony w Polsce na wyginięcie, a jego występowanie zostało potwierdzone jedynie na 20 stanowiskach.

Prace inwentaryzacyjne wykazały dużą różnorodność siedlisk omawianego obszaru. Stwierdzono występowanie 24 przyrodniczych siedlisk leśnych i nieleśnych podlegających ochronie w ramach obszarów programu Natura 2000.

Podczas prac ujawnione zostały również cenne gatunki kręgowców. W lasach Nadleśnictwa Dąbrowa występują 3 gatunki ptaków wymienione w załączniku I Dyrektywy Ptasiej. Są to: bocian czarny, orzeł bielik i żuraw, mające na tym terenie swoje miejsca lęgowe. Spośród zinwentaryzowanych 4 gatunków nietoperzy mopek i nocek duży ujęte zostały w Załączniku II dyrektywy Rady nr 92/43/EEC z dn. 21.05.1992r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory.

Poza wymienionymi gatunkami stwierdzono również występowanie innych cennych gatunków, takich jak bóbr, wydra, kumak nizinny i traszka grzebieniasta.

W zasięgu działania terytorialnego Nadleśnictwa Dąbrowa wyznaczono obszary:

Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków „Bory Tucholskie" PLB220009 – obejmuje swym zasięgiem  322 535,90 hektarów, z czego w Nadleśnictwie Dąbrowa 5488,16ha. Na obszarze tym, zainwentaryzowano 107 gatunków ptaków gniazdujących, w tym co najmniej 28 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 6 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt (PCK).
W okresie lęgowym obszar ten zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bielik (PCK), kania czarna (PCK), kania ruda (PCK), podgorzałka (PCK), puchacz (PCK), rybitwa czarna, rybitwa rzeczna, zimorodek, żuraw, gągoł, nurogęś, tracz długodzioby (PCK) oraz licznie występujący błotniak stawowy.
W okresie wędrówek występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego  łabędzia krzykliwego (do 400 osobników) i żurawia (do 1800 osobników na noclegowisku). Utworzenie ptasiego Obszau Natura 2000 "Bory Tucholskie" sprawiła różnorodność ptactwa.

Dolina Dolnej Wisły (Kod Obszaru 040003)- specjalnej ochrony ptaków.

W zasięgu działania terytorialnego Nadleśnictwa Dąbrowa wyznaczono obszar specjalnej ochrony ptaków (wg. Dyrektywy Ptasiej) na podstawie Rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków NATURA 2000 - Dolina Dolnej Wisły (Kod Obszaru 040003), o powierzchni ogólnej 34 909,20 ha. Obejmuje on odcinek doliny Wisły w jej dolnym biegu, od Włocławka do Przegaliny, zachowujący naturalny charakter i dynamikę rzeki swobodnie płynącej. Rzeka płynie w dużym stopniu naturalnym korytem, z namuliskami, łachami piaszczystymi i wysepkami, w dolinie zachowane są starorzecza i niewielkie torfowiska niskie; brzegi pokryte są mozaiką zarośli wierzbowych i lasów łęgowych, a także pól uprawnych i pastwisk. Miejscami dolinę Wisły ograniczają wysokie skarpy, na których utrzymują się murawy kserotermiczne i grądy zboczowe. Wisła przepływa w granicach obszaru przez kilka dużych miast, takich jak: Toruń, Bydgoszcz, Grudziądz, Tczew.

Na tym obszarze występuje 5 gatunków ssaków wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej, co najmniej 44 gatunki ptaków wymienione w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej, a także 7 gatunków znajdujących się w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt. Odnotowano tu gniazdowanie około 180 gatunków ptaków. Z grupy gatunków zagrożonych wyginięciem w Europie na tym terenie występuje 16 gatunków. Biorąc pod uwagę grupy gatunków zagrożonych wyginięciem w Polsce, na terenie tym stwierdzono: 1 gatunek skrajnie zagrożony, 6 silnie zagrożonych i 21 zagrożonych. Wśród chronionych gatunków ssaków, występujących na tym obszarze warto wymienić takie, jak: wilk, wydra, bóbr europejski, mopek, nocek duży. Występują tu 2 gatunki płazów wymienione w Załączniku II: kumak nizinny i traszka grzebieniasta. Spośród ptaków teren ten zasiedlają takie gatunki jak nurogęś, ohar, rybitwa białoczelna, rybitwa rzeczna, zimorodek, derkacz, ostrygojad, sieweczka rzeczna, mewa czarnogłowa. W okresie zimowym przebiega tędy szlak wędrówkowy takich gatunków, jak orzeł bielik, gągoł, nurogęś, bielaczek.
Równie bogata jest flora naczyniowa, licząca około 1350 gatunków roślin. Charakteryzuje ją duża różnorodność zbiorowisk, wśród których znajdują się siedliska wymienione w Załączniku I: łęgi topolowe, olszowe i jesionowe, olsy źródliskowe, niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie, starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne.